Titulo Estágio
BioPredict-IT: algoritmos inteligentes para identificação de marcadores em redes biológicas
Áreas de especialidade
Sistemas Inteligentes
Local do Estágio
CISUC - Centro de Informática e Sistemas da Universidade de Coimbra
Enquadramento
Nos últimos anos assistiu-se a um aumento sem precedentes de dados biomédicos, potenciado por sucessivos avanços tecnológicos. Contudo, estes dados encontram-se dispersos sobre inúmeras bases de dados independentes. Ser capaz de fundir estes dados e de extrair evidências biomoleculares relevantes é um enorme desafio mas também uma excelente oportunidade. Não sendo realista a execução manual desta tarefa existe uma premente necessidade de métodos computacionais que permitam responder a este problema.
Objetivo
Um tópico de especial interesse consiste na identificação de marcadores moleculares que possam ser utilizados na identificação de perfis associados a doenças. A capacidade de prever estas associações proporciona informação valiosa, permitindo compreender de forma sistemática o mecanismo de funcionamento de várias doenças.
Neste projeto, propõe-se o desenvolvimento do sistema BioPredict-IT que, fazendo uso de algoritmos inteligentes, aplicados a dados moleculares seja capaz de efetua
Plano de Trabalhos - Semestre 1
1. Estudo do problema e revisão do estado da arte
2. Definição e construção do conjunto de dados de treino, validação e aplicação.
3. Desenvolvimento e teste de classificadores para deteção de biomarcadores
4. Validação preliminar do modelo obtido
5. Escrita do relatório intermédio
Plano de Trabalhos - Semestre 2
6. Afinação e validação do conjunto de dados usados.
7. Análise comparativa dos resultados obtidos com outros modelos de classificação e conjuntos de dados.
8. Desenvolvimento da ferramenta para visualização dos resultados
9. Escrita da versão final da dissertação
Condições
O aluno terá acesso às salas do grupo de Computação Adaptativa e a um cluster de computadores. Esta é uma excelente oportunidade para adquirir experiência em Bioinformática, uma área com enorme potencial de crescimento.
Dependendo de disponibilidade financeira, perspetiva-se a abertura de concurso para concessão de uma bolsa de investigação. Os estudantes interessados nesta proposta são encorajados a contactar os orientadores.
Orientador
Joel P. Arrais; Bernardete Riberio
jpa@dei.uc.pt 📩