Titulo Estágio
PPRINT - Algoritmos inteligentes para reconstrução de redes de interação de proteínas.
Área Tecnológica
Informática Médica
Local do Estágio
CISUC - Laboratório de Computação Adaptativa
Enquadramento
Nos últimos anos assistiu-se a um aumento sem precedentes de dados biomédicos, potenciado por avanços tecnológicos sucessivos. Contudo, o conhecimento existente encontra-se disperso sobre inúmeras bases de dados independentes. Ser capaz de fundir estes dados e de extrair evidencias biomoleculares relevantes é um enorme desafio mas também uma excelente oportunidade. Não sendo realista a execução manual desta tarefa manualmente existe uma premente necessidade de estratégias computacionais que permitam responder a este problema.
Um problema concreto de especial interesse consiste em analisar as interações de proteínas (PPI – Protein-Protein Interaction). A capacidade de prever estas interações proporciona informação valiosa, permitindo compreender de forma sistemática o mecanismo de funcionamento de várias doenças.
Objetivo
Neste projeto, pretende-se construir o sistema PPRINT (Protein-Protein Interaction) capaz de efetuar a previsão de PPIs através da utilização de classificadores inteligentes, incluindo em particular as máquinas de aprendizagem de vetores de suporte (SVM). Deverão ser implementados e avaliados diferentes classificadores com base em características construídas a partir dos domínios conservados e estrutura primária das proteínas.
Depois de analisadas as interações, estas podem ser facilmente visualizadas através das designadas redes de interação. Assim, pretende-se também a construção de uma ferramenta computacional que permita a previsão e posterior análise das interações.
Plano de Trabalhos - Semestre 1
1. Estudo do problema e revisão do estado da arte de ferramentas computacionais para a identificação interações de proteínas
2. Definição e construção do conjunto de dados de treino, validação e aplicação.
3. Desenvolvimento e teste de classificadores para deteção de PPIs
4. Validação preliminar do modelo obtido
5. Escrita do relatório intermédio
Plano de Trabalhos - Semestre 2
6. Afinação e validação do conjunto de dados usados.
7. Análise comparativa dos resultados obtidos com outros modelos de classificação e conjuntos de dados.
8. Desenvolvimento da ferramenta para visualização da redes de interações e validação das metodologias para o interactoma Humano.
9. Escrita da versão final da dissertação
Condições
Não se prevê a existência de nenhuma bolsa para este projeto. No entanto, o aluno terá acesso às salas do grupo de Computação Adaptativa e a um cluster de computadores. Esta é também uma excelente oportunidade para adquirir curriculum em Bioinformática.
Os estudantes interessados nesta proposta são encorajados a contactar os supervisores.
Orientador
Doutor Joel P. Arrais, Doutor Carlos Pereira, Professor António Dourado
jpa@dei.uc.pt 📩