Titulo Estágio
Modelação e Simulação de Sistemas Biológicos
Área Tecnológica
Sistemas Evol. e Comp.
Local do Estágio
DEI-FCTUC
Enquadramento
A simulação de equações químicas usando métodos estocásticas é considerado uma das técnicas mais exactas para prever o comportamento de sistemas biológicos. A execução eficiente destes modelos permitirá simular sistemas completos e permitirá responder a questões relevantes na área da biologia molecular.
Objetivo
Desenvolvimento de um simulador eficiente para a representação de sistemas biológicos baseados em equações químicas estocásticas.
Plano de Trabalhos - Semestre 1
Estudo de métodos hierárquicos para a solução eficiente de equações químicas baseadas em modelos estocásticos (algoritmo de Gillespie e optimizações).
Estudo de formalismos para a representação de sistemas híbridos.
Estudo de métodos para a paralelização de simuladores baseados em eventos discretos baseados nas abordagens conservativa e "time-warp".
Plano de Trabalhos - Semestre 2
Desenvolvimento de um núcleo de simulação baseado em eventos discretos para solução numéricas das equações químicas baseadas em modelos estocásticos. (8 semanas)
Paralelização do simulador. Teste e validação. (6 semanas)
Criação de uma base preliminar de modelos químicos para representação de sistemas biológicos ao nível molecular. Teste e validação.(3 semanas)
Escrita do relatório. (3 semanas)
Condições
NA
Orientador
Fernando Barros
barros@dei.uc.pt 📩